中医学专业有着悠久的学科发展历史，自1958年温州医科大学建立起就设立中医学教研室，承担温州医科大学临床等专业的中医教学工作。随着温州医科大学办学规模的扩大和市场对中医药人才的需求，在2002年成立了中医系，并经省教育厅的批准开始招收中医专业本科学生。现有班级5个，学生数156人。自2007年开始以第一批投档线招生，高考生源质量优秀，中医学专业经过十余年办学为社会输送了数百名优秀毕业生，历年来在全国中医执业医师考试中名列前茅，其中2015年在全国中医执业医师考试中排名第一。用人单位反映我校毕业生综合素质高，基本功扎实，动手能力强，具有较好的团队合作精神，拥有广泛的社会和行业用人单位认可度。

本专业现有教师85人，其中教授3人，副教授6人，讲师6人，博士5人，拥有省级重点学科1项和省级重点专科4项，5个省级实验教学示范中心，国家级名中医3人，省国医名师1名，国家优秀中医临床人才2名，浙江省名中医2名，温州市级名中医16人。2015年获得教育部、国家中医药管理局“卓越医生（中医）教育培养计划改革”试点项目立项，并获温州市重点建设专业立项。中医学专业自建立以来，积极服务地方经济社会发展，结合区域卫生事业发展需求，适应新医学模式转变，拓宽专业发展，促进学生更好适应社会需求和就业。近年来，中医学专业在教育国际化发展中取得一定成绩。在泰国东方大学孔子学院与泰国中医师总会合作建立泰国卓越中医师培训基地，为中医人才的国际化建设开创了一条新路。